Przygotowując pacjenta do zabiegu, chirurg szczękowo-twarzowy zbiera szczegółowy wywiad i wykonuje zdjęcia radiologiczne oraz zdjęcia twarzy, pokazujące warunki zgryzowe pacjenta. Pobiera wyciski, na podstawie których powstają gipsowe modele. Służą one do przeprowadzenia szczegółowej analizy twarzowo-zgryzowej.
Przygotowanie do zabiegu ortognatycznego, w tym leczenie ortodontyczne, trwa ok. 9-14 miesięcy. W tym czasie powstają komputerowe modele 3D, mockupy i szablony, dzięki którym już w fazie planowania leczenia pacjent może zobaczyć jego efekt. Często pomaga mu to podjąć decyzję o leczeniu.
Zabieg odbywa się w znieczuleniu ogólnym. Najczęściej już następnego dnia pacjent może wrócić do domu. Operacja ortognatyczna nie jest szczególnie bolesna. Po zabiegu pacjent musi liczyć się jednak z niedogodnościami, jak obrzęk nosa i zatok, które mogą utrzymywać się 5-10 dni. Przez około 6 tygodni dozwolona jest tylko płynna dieta, a do wzmożonej aktywności fizycznej, np. uprawiania sportu, można wrócić po około 3 miesiącach.
Po 6 tygodniach od zabiegu można przystąpić do ostatniej fazy, czyli leczenia ortodontycznego. Może też być konieczne przeprowadzenie dodatkowego zabiegu, np. plastyki bródki, nosa, policzków czy ust, żeby uzyskać optymalny efekt estetyczny.
Zabieg ortognatyczny poprawia rysy twarzy i zgryz oraz przywraca prawidłową funkcję żucia. Pacjent wygląda lepiej i wyraźniej mówi. Dzięki temu odzyskuje pewność siebie i wzrasta jego poczucie własnej wartości oraz atrakcyjności.
Rezultatem zabiegu jest też poszerzenie dróg oddechowych. Poprawia się wydolność oddechowa, dotlenienie organizmu i znikają problemy z oddychaniem w czasie snu, w tym z chrapaniem. W dłuższej perspektywie czasu zmniejsza to ryzyko chorób serca i układu krążenia.